Elite cuenta la historia de tres jóvenes de clase baja cuyo instituto ha de ser desalojado por estar casi en ruinas. Estos tres estudiantes son recolocados en Las Encinas, uno de los colegios más exclusivos y caros del país. Pero la llegada de los nuevos e inadaptados alumnos coincide con un hecho inaudito en un espacio seguro e idílico:una de las alumnas del centro será asesinada.

La historia cuenta con tres grupos de personajes Los que están fuera de su mundo: Nadia (Mina El Hammani) es musulmana y necesita demostrar su valía. Cristian (Miguel Herran) es un buscavidas que aprovechará esta oportunidad. Samuel (Itzan Escamilla)es el responsable del grupo.
Los pudientes aparentemente seguros: Polo (Álvaro Rico )descubre que no tiene clara su identidad. Guzmán (Miguel Bernardeau) tiene una posición de poder que se tambaleará. Ander (Aron Piper) vive sometido a sus padres y ocultando su sexualidad.
Las que buscan cambios: Desde Carla (Ester Expósito), aburrida de su vida de privilegio, a Marina (María Pedraza), que se siente incómoda entre los de su clase, pasando por la clasista Lu (Danna Paola) forman un grupo explosivo.